W NAWA funkcjonuje dziesięcioosobowe ciało kolegialne – Rada Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej, w którego skład wchodzą przedstawiciele środowiska i instytucji publicznych. Rada proponuje kierunki rozwoju Agencji oraz opiniuje plany i sprawozdania z działalności Agencji.
W skład Rady NAWA wchodzą przedstawiciele:
- Prezesa Rady Ministrów;
- ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego i nauki;
- ministra właściwego do spraw zagranicznych;
- ministra właściwego do spraw finansów publicznych;
- ministra właściwego do spraw gospodarki;
- Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich;
- Krajowej Reprezentacji Doktorantów;
- Parlamentu Studentów Rzeczypospolitej Polskiej;
- Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.